In den 4 Kriegsjahren wurden Lehrkräfte zum Heeresdienst einberufen. Auch der Rektor Prenzlin war von im Fronteinsatz. Mit der Vertretung der Schulleitung wurde der Mittelschullehrer Nommensen beauftragt. Die Schüler wurden zu Sammelaktionen herangezogen Kriegsanleihen, Goldmarksammlungen ; aber auch zu Paketaktionen mit Liebesgaben für die Frontsoldaten.
Der vaterländische Gedanke wurde gerade in dieser Zeit besonders gepflegt. Die Bestandsrückgänge dürften zu Lasten der Kriegszeit und der Nachkriegszeit gehen. Nach der Machtübernahme durch Hitler am Die Lehrkräfte der Boje-Mittelschule wurden am Hitler" vom Rektor der Schule vereidigt.
Neue Bildungs- und Erziehungsprinzipien forderten Beachtung. Der Sonnabend wurde zum unterrichtsfreien Staatsjugendtag erklärt, an dem statt des Unterrichts sportliche und politische Veranstaltungen der Hitlerjugend durchgeführt wurden. Hinzu traten die vielen Beurlaubungen von Schülern und Lehrern zu politischen Kursen.
Nachdem dieses wenige Tage später nach Marne verlegt worden war, diente die Schule als Unterkunft für militärische Einheiten und Formationen verschiedenster Art bis zum Ende des Krieges, und selbst darüber hinaus als Auffang- und Durchgangsstelle für Vertriebene. Zu einer besonders starken Beeinträchtigung führten die vielen Fliegeralarme, die einen Unterrichtsausfall für den nächsten Tag bedeuteten, wenn sie sich über Mitternacht ausgedehnt hatten.
Eine Kinderlandverschickung vom Es handelte sich dabei um eine 4stufige Hauptschule, die eine Pflichtausleseschule war und die bis zu einem Drittel der Schülerzahl des jeweiligen 4.
